Soueif gặp người chồng tương lai của mình, Ahmed Seif El-Islam, trong khi đang làm việc tại Đại học Cairo vào giữa những năm 1970, nơi ông đã là "thủ lĩnh của một tế bào sinh viên cộng sản ngầm kêu gọi cách mạng".[2] Ông trở thành một nhà hoạt động nhân quyền và luật sư cánh tả, và họ đã kết hôn cho đến khi ông qua đời vào năm 2014.

Họ là cha mẹ của các nhà hoạt động Alaa Abd El-Fattah, Sanaa Seif và Mona Seif.[1][4] Chị gái bà là tiểu thuyết gia Ahdaf Soueif.[5]